La ventaja de web modulares es el mantenimiento, mas que cualquier otra cosa. Tu solo tienes 1 archivo con salida al usuario.
Supongamos que tienes una web con 3 secciones: Home, Legal y Users, tu lo que tienes que hacer es un index que llamará a los modulos correspondientes para cada seccion, un ejemplo:
index.php
Código PHP:
//Aqui realizas los includes que utilizas siempre en la pagina, ejemplo, conexion a DB
<html>
<head>
//contenido del head
</head>
<body>
<?
include("modulos/titular.php");
switch ($_GET['mod']) {
case 'home':
include("modulos/home.php");
break;
case 'legal':
include("modulos/legales.php");
break;
case 'users':
include("modulos/usuarios.php");
break;
default:
include("modulos/home.php");
break;
}
include("modulos/pie.php");
?>
</body>
</html>
En fin, lo que haras luego es que los links en lugar de llamar a tusitio.com/carpeta/home.php llamaran a tusitio.com/?mod=home
En los archivos que incluyes solo estara el codigo HTML que necesitas, no tienes que poner las cabeceras del sitio ni el pie de pagina, con ello ganas organización, ya que si quieres editar la cabecera no tendrás que editar cada archivo de tu sitio, sino solo "titular.php", se entiende? esto es un ejemplo simple, tu puedes dividir aún mas el contenido...