Para tu caso, te recomiendo un gestor de descargas. Creo que todos (o por lo menos la mayoria) soportan pausar/continuar las descargas, y soportan los protocolos http y ftp. Uno gratuito es TrueDownloader, lo puedes bajar en:
http://downloadplus.sourceforge.net http://francis.dupont.free.fr/truedownloader