Lo que puede que este sucediendo es que el archivo se esta guardando con otro nombre muy distinto al que le quieres dar, ya que lo que hace multipart/form-data es hacer una copia remota del fichero local con un TMP y para copiarlo necesitas espectificarle el nombre, el Fichero de entrada que es como tu le llamas tiene el valor del fichero temporal en el servidor, pero dicha varible también tiene el nombre original del fichero si la llamsa con REAL_name, al grano:
<html>
<head>
<title>Title here!</title>
</head>
<body>
<?
$archivo="$fichero_entrada";
$carpeta="C:\Inetpub\wwwroot\uploads";
copy($fichero_entrada,$carpeta.
fichero_entrada_name );
?>
</body>
</html>
<a href="http://www.unitecos.net">
<img src="http://www.unitecos.net/arch/agarciaa.jpg" border=0>
</a>