Pues hay un tema en las FAQ's que trata los "checkbox" ..
http://www.forosdelweb.com/showpost....0&postcount=92
Lo que debes conocer es que sólo "suben" a tu script PHP para su proceso final los checkbox que son seleccionados .. Los que no seleccionas .. te apareceran definidos en tu script PHP.
Por ende . .por otro médio debes conocer el total de opciones .. para que así hagas tu "resta" conociendo los que selecionastes, el resto asumes que no se seleccionó.
El cómo guardarlo en tu BD .. depende de ti .. No sé que idea tienes al respecto o que es lo que vas a hacer con esos datos.
En principio podrías serializar esos datos usando por ejemplo un simple implode() .. y que todo eso quede en un campo de tu BD.
Pero tal vez te venga mejor en tu caso crear tantos registros como opciones se marcaron en una tabla de tu BD aparte.
Cada método tiene sus ventajas y desventajas. Si vas a "buscar" por esas opciones seleccionadas .. lo ideal seria usar una tabla aparte .. donde registres esos datos .. si sólo es "informativo" con un campo en tu BD sobra (serializado los datos separados por algún caracter).
Un saludo,