Se puede arreglar la desincronización sin andar editando el audio
En virtualdubmod, abres el fichero, vas a Streams -> Stream list, y pinchas con el boton derecho sobre el audio. Marcas Interleaving. Ahí te aparece una ventanita con una opción "delay audio track by". En esa opción puedes meter el retraso o adelanto del audio, en milésimas de segundo. Si por ejemplo el audio empieza dos segundos antes de lo que debería, debes poner un retraso de 2000 positivo (para desplazar el audio hacia el final). Después pones el video en direct stream copy y en File -> Save as... lo vuelves a guardar (cambiando el nombre para no sobreescribir).
Espero que te sirva
