Problemas al subir ficheros

[alberto70]

Hola:
Mi problema es el siguiente:
Estoy diseñando la página web del instituto en donde imparto clases. Estoy subiendo (colgando) los ficheros a Yahoo (Geocities).
El caso es que tengo en mi disco duro los archivos distribuidos en varios directorios y subdirectorios par una mejor organización y mantenimiento.
Al subir los ficheros y al tratar de mantener esta distribución de directorios, al cargar la página no se ve ésta (aclaración: SI tengo un archivo Index.htm). La única forma de que se vea la página web es que absolutamente todos los ficheros estén en el directorio raíz del servidor.
Esto al principio, y con pocos ficheros, no me resultaba demasiado problema, pero al ir creciendo la página (y los ficheros) me crea problemas de mantenimiento y organización de la misma.
¿Es esto normal?, ¿qué es lo que estoy haciendo mal?, ?lguien tiene alguna solución?
Gracias