Teniendo en cuenta que file() te puede leer tu archivo dejandote un array con tantos elementos como "saltos de línea" tenga tu archivo (= registros en tu caso) .. perfectamente puedes usar funciones de arrays para obtener esos N "elementos" del array aleatoriamente ..
Por ejemplo .. una vez leido tu archivo con file() .. usa:
shuffle()
http://www.php.net/manual/es/function.shuffle.php
Un saludo,