Creo que estamos mezclando cosas ...
Lo que comentas de "MSN" viene a ser la técnica de "web modular", bajo ese concepto tienes un "armazon" general "padre" y llamas bajo variables de control (en tus links) al mismo "armazón" cargando dinámicamente una (o varias) partes de este vía "include()" por ejemplo ...
Un tutorial sobre esta técnica:
http://www.zonaphp.com/articulo34.php
El tema de la "sesion" no sé que tiene que ver en todo esto .. podrías aclararlo con un ejemplo real (código? psudo-código?) ..
Y .. bueno .. creo que sólo hay esas dos técnicas principales (y variantes) ... Ahora .. que tu tengas funciones que ya implementan "salida" (ese HTML) donde le pasas algunos datos y generan ese "HTML" y luego simplemente hagas scripts PHP llamando a esas funciones que generan su salida .. OK (es eso lo que haces supongo?).. Así creo que funciona PHP-Nuke en sus principios .. una "template" de estos era un mar de código PHP que hasta que no se ejecutaba nunca se podía ver un esbozo de como quedaría nada ... En resumen .. se complicaba el desarrollo de nuevos diseños .. (luego se quejaba todo el mundo que todas las web's en PHP-Nuke eran iguales .. normal si es complicado desarrollar una "plantilla" nueva .. )
En mi caso particular no me agrada esa técnica (la de muchas funciones que generen partes de "HTML"), prefiero en su defecto usar un motor de templates clasico .. así no tengo que crear "funciones" para alterar la estructrua de mis páginas .. es el "motor" con su sistema de "bloques" y demás el que lo gestiona ofreciendome otras caracteristicas de control como por ejemplo el control del "Caché".
Tambien recuerda que no siempre se trabaja "solo" .. a veces debes trabajar uno como programador y otra persona(s) como diseñador .. en ese caso .. se puede diferenciar bien el trabajo de uno y trabajar en "paralelo" .. mientras que si lo fuerzas vía "PHP" ante un cambio siempre van a tener que buscar al "programador" .. cuando una estructura con "bloques" bien definidos .. plantilas "padre" y demás pueden dar mucha rienda suelta al "diseñador" y sobre todo no mete las manos en el código alquien que no conoce.
Por cierto .. cuando hablo de "Template" o sistema de "Templates" (plantillas) .. siempre pienso en una forma/técnica de crear nuevos "diseños" en base a unos "datos" (y separar la "vista" de la "capa de negocios") .. facilitando intercambiar la "template" a usar .. o incluso modificaciones sobre la "vista" sin tocar nada de código PHP. en lo posible .. No sé si hablamos de lo mismo?.
Un saludo,