Pudes usar:
 
register_shutdown_function() 
http://www.php.net/manual/es/functio...n-function.php 
Tan sólo debes crear tu proceso en una función .. y "registrarla" al final de tu script. Eso liberará al cliente .. mientras el proceso continua.  
Ejemplo: 
 Código PHP:
    <?
function tu_funcion(){
// tu proceso ...
}
 
register_shutdown_function('tu_funcion');
 
echo "Puede cerrar esta ventana cuando lo desee .. el proceso continuará ...";
// o redireccionas a otro sitio con un header("Location: ....."); .. etc. El caso es que ya puedes cerrar esta ventana cuango gustes.
 
?>    
  Un saludo,