Hacer lo que tu quieres es muy sencillo¡¡¡.
Mira, incias el windows98. Metes el cd del W2000 y esperas a que salga el menu del cd. Te aparecera una ventana de aviso que te dice que tienes una version anterior al w2000, que si quieres actualizarla. Pulsa NO ó cancelar.
Selecciona del menú la opción de instalar W2000-->instalación limpia.
La mejor oppcion es que crearas antes otra particion para instalar ahí el w2000, porque tener el windows 98 y el windows 2000 en una misma partición te puede dar muchos dolores de cabeza. Ademas así puedes eliminar sin problemas el windows si te da problemas.
Durante la instalación del windows2000 debes seleccionar la partición donde se instalará. Escoge la nueva que has creado y sigue con la instalación.
Si lo haces así, al instalar el w2000 este detecta que ya tienes otro windows instalado y genera automáticamente un menu de arranque para que cuando enciendas tu computer puedas elegir.
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Si tienes algún duda ó problema, aqui estamos para ayudarte. ;)