lo unico que tienes que hacer es almacenar la ruta como una cadena de caracteres en una variable con la ruta relativa
desde donde la vas a mostrar no desde donde la subes, sería algo así como:
Código PHP:
$ruta_imagen = $imagenes/subdir_que_quieras/".$_HTTP_POST_FILES['file']['name'];
Donde el campo file deberá ser un input de tipo file en el fomulario que envía los datos al script de subida.