Cita: pero hay alguna forma de hacer esto sin eliminar los que ya tenia...
Realmente tendrías que probarlo .. Pero a mi parecer borrar esos registros y hacer un INSERT "a pelo" (sin más condicionales) creo que será más optimo (habría que probarlo insisto) que hacer en tu caso un SELECT para obtener los ID de los registros que ya tienes .. registrados en tu BD .. compararlos con los que quedaron al cambiar sus estados (los que han de quedar) y así obtener los que tienes que borrar .. no tocando los que son iguales (los que deben permanecer).
Insito .. lo mejor es que lo pruebes. Usa microtime() para ver el tiempo de ejecución de tu script .. y ahí decides (y nos pasas los datos de tus pruebas).
Un saludo,