Hola Javilucho.
Tengo un tutorial el formato de Word de Sincronizar el Audio y el Video en un archivo .AVI. con el programa Virtual Dub,si quieres que te lo mande pon tu correo pesa poco 300kb.
Luego para sincronizar en .MPg mira este enlace.
http://www.mundodivx.org/foro/viewtopic.php?t=12174
Espero te pueda sevir, de porque te pasa eso yo no entiendo.
Aludos.
Adios