Mysql 4.1 no sé como lo habrás instalado .. pero se puede dejar como "servicio" o para que lo ejecutes a mano. Como servicio (que es como recomiendan instalar Mysql 4.1.x .. no tienes que "iniciarlo" pues al se carga en tu S.O. como servicio (siempre disponible y activo) ...
Si lo tienes como servicio ya lo tendrás arriba (no sé como andará un servicio en W98 .. en XP funciona bastante bien ..)
Algunos links de interes:
http://dev.mysql.com/tech-resources/...installer.html http://mpcon.org/apacheguide/
Un saludo,