Podrías tomar el nombre del campo. Si el campo se llama "time" entonces lo formateas, si no, haces el resto igual:
Código PHP:
while($row = mysql_fetch_row($export)) {
$line = '';
foreach($row as $key=>$value) {
if ((!isset($value)) OR ($value == "")) {
$value = "\t";
} elseif ($key == 'time'){
// formateas el campo time.
$anio = substr($value],0,4);
$mes = substr($value,4,2);
$dia = substr($value,6,2);
$hora = substr($value,8,2);
$min = substr($value,10,2);
$seg = substr($value,12,2);
$value = "$dia|$mes|$anio $hora:$min:$seg \t";
} else{
$value = str_replace('"', '""', $value);
$value = '"' . $value . '"' . "\t";
}
$line .= $value;
}
$data .= trim($line)."\n";
}
Saludos