Definitivamente va a ser un poco más rápido utilizando funciones nativas y no funciones definidas por el usuario o clases, ya que al final éstas terminan utilizando también las funciones nativas.
Eso comparando una función normal como
$link = mysql_connect(...);
con una llamada tipo
$db = & new dataBase(...);
Ahora.... como ya te dijeron, el rendimiento total de tu aplicación ya dependerá, además de estos factores, de otros relacionados con el diseño.
En general, uno no utiliza clases pensando en el rendimiento de una funa función específica, sino en otras muchas ventajas como la facilidad de mantenimiento y esto es muy importante sobretodo en aplicaciones grandes.
Saludos
