Al formatear una unidad, la otra no tiene porqué sufrir.
otra cosa es que toques las particiones, entonces sí, pierdes la información, si lo haces con fdisk (la utilidad que trae microsoft)
si lo haces con otra utilidad no, te dejo una página donde te dicen donde se consiguen particionadores de disco duro gratuitos
http://www.fontaneropc.com/modules.p...article&sid=25