Consultas multiples en MySql desde PHP

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Hola, he estado leyendo acerca de los diferentes tipos de tablas en MySql, MyISAM, ISAM, HEAP, BDB (Base de datos Berkeley), e InnoDB, encontre que InnoDB es la nueva moda por las ventajas que ofrece.

Sin emargo quisiera saber cual es la mas recomendable, no se, por velocidad, por seguridad, etc. Cual tipo de bases de datos es mejor para usarse si estoy programando en PHP.

Hago esta pregunta aqui, por que se trata de como utilizar estas tablas junto con PHP, esa es la razon... ahora les expliclo un problema que tengo en PHP y MySql.

Cuando necesito hacer una operacion que requiere de varias consultas me enfrento al problema de que no existe( o no la conozco ) desde php la forma de hacer varias consultas al mismo tiempo de forma atomica (trans en SQL Server), entonces es algo dificil de lograr:

Alco como:

mysql_query("look table");
mysql_query("insert tabla1 (1);
mysql_query("select maxID from tabla1");
mysql_query("update max2 set var = maxID");
mysql_query("unlock table");

Entonces tengo que hacerlo de esa forma, varias consultas encerradas en un look table para asegurar que todo es correcto, entonces necesito ver la forma de programar eso, de una manera mas facil, o bueno, si este metodo es correcto, entonces no hay problema, pero aun le miro defectos a ese codigo o posibilidades de errores. Bien, gracias por su ayuda.