Puedes hacer algo como esto:
if variable = un_valor then
%>
<script language="javascript">
function tu_funcion(){
----------
}
</script>
<%
end if
o sino tambien puedes pasarle un argumento a una funcion de Javascript a través de ASP, por ejemplo:
<%
variable = 1
%>
<a href="#" onclick="document.write('<%=variable%>')">, ese es un ejemplo simple, si puedes combinar ambas cosas vas a poder hacer cosas muy buenas.
Espero que te haya servido. Saludos.