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Realmente sería más práctico formatear, ya que si te pones a "limpiar" a mano un sistema Windows, aparte de que vas a estar un montón de horas peleando con él no vas a conseguir limpiarlo al 100%. Te va a ser practicamente imposible dejar el sistema como recien instalado.

Si quieres sanear el windows, te recomiendo:

1.- Guarda tus datos en otro disco (CD, disco duro...)
2.- Deshaz la partición de windows
3.- Crea 2 particiones, una para el sistema y los programas y otra para tus datos
4.- Instala el sistema, controladores y los programas que uses siempre en la primera partición.
5.- Configura todo lo que haya que configurar, programas, conexiones de red, etc.
6.- Haz una imagen (copia) de la primera partición y la guardas en la segunda o mejor en un CD

Siguiendo estos pasos y guardando siempre tus cosas en la segunda partición, si algún día tienes problemas y tienes que reinstalar el sistema, podrás restaurar la partición primera en 10 minutos, teniendo tus datos a salvoen la segunda.