bueno tal vez esto te pueda servir:
$primero = file('datos1.txt'); //aqui tienes que especidicar bien la ruta
$segundo = file('datos2.txt'); //aqui tienes que especidicar bien la ruta
$m = 0;
while ($m<=count($primero)) {
$d_primero = substr(trim($primero[$m]),0,strpos(trim($primero[$m]),' ')); //obtienes el primer dato (datos1.txt)
$d_segundo = substr(trim($primero[$m]),strpos(trim($primero[$m]),' '),strlen(trim($primero[$m]))-strpos(trim($primero[$m]),' ')); //obtines el segundo dato (datos1.txt)
$d_tercero = substr(trim($segundo[$m]),0,strpos(trim($segundo[$m]),' ')); //aqui ves cual de los datos prefieres guardar (datos2.txt)
mysql_query ("insert into tabla1 values('" . $d_primero . "','" . $d_segundo . "','" ,$d_tercero . "')",$con);
m++;
}
Bueno es la idea que tengo sobre lo que quieres, espero que sirva, claro que no lo probe
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