¿¿ Eso ocurre de verdad ??
La de cosas que hay que oir ...
¿Solución? Pues para seguir usando ese sistema, solo se me ocurre que te curres una cola de operaciones. Una manera de hacerlo es: un temporizador "salta" cada X tiempo (el suficiente para que una operación se realice) y realiza la acción que se sitúa en el principio de la "cola". Cada vez que quieras hacer algo en la BD deberás llamar a una función que cree una nueva "operación" y que lo ponga en el final de la cola. Así todos las operaciones se efectuarán y por orden.
Si no sabes como hacer colas avisa.