no entendiste me parece, ese iframe deberia contener una pagina, esa pagina debe ser transparente, no el iframe.
Código HTML:
<iframe name="imagenes" src="http://www.mipaginatransparente.html" frameborder="0" allowtransparency="true"></iframe>
y
www.mipaginatransparente.html seria esto:
Código HTML:
...
<body bgcolor="transparent">
</body>
...