main_quit cierra el bucle de vida que crea main, para cerrar la ventana la debes destruir la ventana, o bien, hacer uso de las funciones estaticas gtk::grab_add() y gtk::grab_remove() te recomiendo que le eches un vistazo:
http://gtk.php.net/manual/en/gtk.functions.php
Lo mas correcto seria destruir la ventana con sus objetos, es decir, cuando se emite el evento destroy de la ventana de dialogo, haces un funcion destroy, destruyendo el objeto de la ventana, que lo puedes pasar por referencia, ya que al hacer un connect() la funcion que es invocada contiene varias variables correspondientes al objeto que lo conecta.
Te recomiendo que leas mas acerca del funcionamiento de GTK ya que creo que tienes conceptos equivocados
Puedes leer algo sobre PHP-GTK en zonaphp.com