Hay que entender que Google NO ve el codigo PHP sino el HTML que se genera.
Por lo cual, debe haber un error en tu codigo o quiza Google esta recien indexando el sitio.
Pero REPITO, Google (cualquier spider) NO ve el PHP NUNCA, solo el HTML generado.
Cita: Mi impresión es que los buscadores van a encontrar la forma de indexar bien estas páginas dinámicas ya interpretarla parte PHP.
No, imposible.
Mira, tu servidor interpreta el PHP y entrega un codigo html, eso es lo que Google ve.
SOLO se da cuenta que es dinamica por la extension .php
POR ESO si hacs el truco de ponerle .html al final, Google no se da cuenta que es dinamica y piensa que es fija.