A la hora de configurar un sitio nuevo en el panel "archivos" (donde te muestra los archivos de la carpeta elegida en forma de arbol) te pregunta si quieres usar una tecnologia de servidor y te da varias opciones, entre ellas PHP con MySQL.
Despues te pregunta si queres editar los archivos de manera local y despues subirlos a tu servidor o si queres editarlos directamente en el servidor (yo lo que hago es tener todos mis sitios en la carpeta del servidor, por lo que uso esta ultima opcion).
Y por ultimo te pregunta cual es la direccion base del sitio (por ejemplo:
http://localhost/tusitio/)...
Creo que con eso basta. Claro que eso debes indicarlo para cada sitio nuevo que creas.
Saludos