Perl es un lenguaje interpretado, por lo que no se pueden 'cifrar' los scripts y que sigan funcionando.
La excusa de que va a cobrar por sus scripts es bastante floja. Va a cobrar por el funcionamiento de sus scripts, no por su código fuente. Te recuerdo que cuando compras Windows XP, lo pagas, pero no te dejan el código fuente, ¿Verdad?.
Tienes dos opciones: Pasarles los scripts y que hagan con ellos lo que quieran o traducirlos a un lenguaje compilable (C?), lo cual es largo y tedioso...
Un saludo
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