Recuerda que con PHP "generas" ese HTML/javascript/etc .. así que según tu condición PHP así generas tu código HTML/javascript ..
Por ejemplo
Código PHP:
<?
if ($validacion){
?>
<html>
<html>
</html>
<body onLoad="alert('blablalbla')>
</body>
</html>
<?
}else{
// nose ...
}
?>
Si la generación de tu "condición" incluye crear una "página" completa HTML según un caso u otro .. así será .. pero debes "componer" finalmente una página HTML correcta y completa (con tu "javascript" si corresponde).
Un saludo,