Pues a mi lo que me extraña es que te funcione hasta directamente en el mysql browser. Supongo que la consulta correcta sería así:
SELECT departamento.nombre, count(*)
FROM departamento
GROUP BY departamento.nombre
Ya que cuando se utiliza el GROUP BY, únicamente pueden mostrarse los campos por los que se agrupa, y funciones de agrupado (o al menos eso me enseñaron en Oracle :P).
Por cierto, llevo un par de meses trabajando con ASP contra MySQL y con el count() no he tenido ningún problema.
Un saludo
