Lo que corresponde a capturar tu HTML generado para tomarlo en una variable lo puedes hacer con las funciones de control del buffer de salida de PHP:
Código PHP:
<?
// captura HTML generado de una página hacia variable PHP.
ob_start();
include("la_pagina_script_q_corresponda.loquese");
$html=ob_get_contents();
ob_end_clean();
// y por aquí con tus rutinas de generación/conversión .. usas el $html
?>
Ojo con los conversores HTML->PDF .. algunos no soportan todas las estructuras HTML ..sobre todo y por ejemplo tablas HTML complejas (con tablas anidadas) o CSS (completo) .. revisalo antes de darte el trabajo.
Un saludo,