Muchos a muchos?

[navajito]

la verdad es que no te entiendo muy bien pero me da la impresión de que lo único que tendrías que hacer es ampliar la tabla distribucion, que es una tabla puente entre proyectos y empleados, con los campos necesarios para hacer los cargos de las horas de trabajos o los servicios prestados y otro campo para las cargas sociales. si este campo, el de las cargas sociales no tiene correspondencia con los cargos de las horas de trabajo no tiene importancia, lo puedes dejar en blanco y puedes hacer un cargo al mes.
lo más complejo es diseñar una página o un formulario para agregar registros a una tabla puente. en mi blog hay ejemplos.