mm "Libre" te refieres a gratutito .. de libre uso .. no pago (ni shareware .. a lo sumo freeware)?
no sé si conoces gestores de imagenes como:
CompuPIC
www.compupic.com
ADCsee
"Gratuitos" (no sé hasta que punto que tan buenos .. o si lo son realmente):
http://www.snapfiles.com/Freeware/gmm/fwimgprocess.html
y muchos más que tienes en el mercado .. El caso es que todos ellos pueden procesar "lotes" .. es decir, indicar un directorio concreto donde estén tus imagenes y definir que proceso hay que aplicar: rotar + escalar + convertir de formato .. etc . etc ..
Pruebalos ... Ah! .. se pueden incluso llamar por "linea de comandos" .. como para disparar el proceso si lo tienes que llamar desde otra aplicación (por ejemplo un script PHP que corra en un servidor windows con este tipo de aplicaicones instalado en el).
Un saludo,