Utilizar funcion chmod.
Siempre lo subiras al server y lo leeras de ahi.
Puedes moverlo a una carpeta de destino con:
move_uploaded_file($path_origen,$path_destino);
Creo que vas bien.
Si usas PHPed graba con formato unix el texto, para que no te vaya a traer algun problema eso creo.
La funcion trim(string) elimina espacios ademas de "\r" "\n" lineas retornos de carro, por si te sirve.
Espero te ayuden esas funciones.
Saludos.
Por si me ayudas en mi pregunta de $HTTP_POST_FILES[0][0].
Gracias