Como norma general, lo mejor es pensar que googlebot es un navegador sin soporte javascript ni Flash, y que vera la pagina como tal. Como no entiende lo que va en los tags <script>, ignora ese trozo y sigue con la pagina. Asi que si usas javascript para mostrar contenidos y navegacion, para google tienes que ofrecerle una alternativa.
Y para info sobre CSS, tienes todo un foro
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