Con respecto a los problemas con los tags <?. Tomado de
www.php.net (
http://www.php.net/manual/es/language.basic-syntax.php):
Cita: Nota: No se debe usar el formato corto de etiquetas cuando se desarrollen aplicaciones o bibliotecas con intención de redistribuirlas, o cuando se desarrolle para servidores que no están bajo nuestro control, porque puede ser que el formato corto de etiquetas no esté soportado en el servidor. Para generar código portable y redistribuíble, asegúrate de no usar el formato corto de etiquetas.
El problema del index.php que no lo toma, pasa por lo mismo que en la nota anterior (en parte), y se debe simplemente a que en el servidor Web que en este caso es Apache no existe en la linea:
DirectoryIndex index.html index.html.var
el
index.php. Lo que hace esta línea de configuación es simplemente abrir el primer archivo especificado que encuentra y en el mismo orden en que estan especificados. Asi, si en tu directorio hay un index.html y un index.php, abrirá el index.html ya que esta primero.
Respecto al comportamiento de los includes, deberas proporcionar mas antecedentes.
Saludos