Eso lo podrías solucionar con 3 tablas:
En una tabla tendrías (por ejemplo tAlumnos) los datos de los alumnos:
Nombre
Apellidos
Edad
IdAlumno
En otra tabla (tAsignaturas) tendrías las asignaturas:
idAsignatura
nombreAsignatura
Y en la última tabla (tRelaciones) es donde relacionarías cada alumno con las asignaturas que le correspondan:
idAlumno
idAsignatura
Con esto si tuviesemos un alumno en la tabla tAlumnos con los siguientes datos:
Nombre: Carlos
Apellidos: Gonzalez
Edad: 10
IdAlumno: 14
y las asignaturas en la tabla tAsignaturas con los siguientes datos:
idAsignatura: 1
nombreAsignatura: Matemáticas
idAsignatura: 2
nombreAsignatura: Lengua
idAsignatura: 3
nombreAsignatura: Ciencias
idAsignatura: 4
nombreAsignatura: Sociales
y quisieramos asignar al alumno Carlos Gonzalez las asignaturas Ciencias y Matemáticas, en la tabla tRelaciones tendríamos:
idAlumno: 14
idAsignatura: 1
idAlumno: 14
idAsignatura: 3
Otra forma sería crearte un campo de tipo SET pero nunca lo he intentado.
Te dejo el enlace en la página de Mysql.
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/set.html
Espero que te ayude.