Deberías concretar que tipo de array usas ("dimensiones") ..
Pero, si ya dices que vas a tener que buscar en esos datos .. lo mejor sería aplicar cierta "noramalización" creando las relaciones que se requieran (una tabla y a "registro" por elemento de ese array) .. así podrás hacer consultas SQL más complejas y optimas para obtener tus datos ..
Si mas que "buscar" sobre esos datos (que igualmente se podría) sólo vas a presentar o "reconstruir" ese array nuevamente al leerlo de tu BD .. puedes "serializar" ese array (sea como sea este) usando:
serialize()
www.php.net/serialize
Y su unserialize()
O bien serializar el array a tu manera (sobre todo si tu array es unidimensional) usando implode() para convertir tu array en una cadena (de tantos elementos como tenga el array y separados por algún caracter: , (coma) .. etc...). Esa "cadena" la guardarías en un sólo campo de tu BD .. Esto facilita el "almacenamiento" de esos datos .. pero para nada optimiza busquedas complejas sobre ellos. Piensatelo y sobre todo si quieres cierta ayuda/asesoría .. explica mejor que datos vas a guardar así, y que es lo que requieres de ellos.
Un saludo,