Hola!
Tu cuestion se soluciona directamente en la consulta. La solucion es usar sub-consultas, asi:
Código PHP:
$SQLconsulta="SELECT * FROM todosclientes WHERE idcliente1 NOT IN (SELECT idcliente2 FROM clientes)";
$resultado=mysql_query($SQLconsulta);
//todo lo demás ...
De esta forma obtienes todos los clientes de TABLA(todosclientes) que no esten en TABLA(clientes). Considera que debes tener una clave primaria en cada tabla; en este caso estoy manejando 'idcliente1' como clave primaria en 'todosclientes' y 'idcliente2' como clave primaria en 'clientes'.
Enjoy! xD
