Hola! 
 
Tu funcion javascript
: 
 Código PHP:
    <script language="javascript1.4" type="text/javascript">
  function getCondiciones() {
  var condiciones = new Array();
  //...
  //Join : te devuelve la matriz como cadena 
  //cuyos elementos estan separados por comas
  return (condiciones.join(','));
</script> 
   
  Obviamente tienes que enviar esta variable a un Php atravez de un formulario con metodo GET o POST, o puede ser tambien dentro de un link (metodo GET).  
Si quieres enviarlo atraves de un link(GET), seria asi: 
 Código PHP:
    <a href="script.php?condiciones=<script>getCondiciones();</script>">Resultado</a> 
    
  Si quieres enviarlo atraves de un formulario(GET o POST), seria asi: 
 Código PHP:
    <input type="hidden" name="condiciones" value="<script>getCondiciones();</script>"> 
    
  Dentro del SCRIPT.PHP, recibes la varaibla asi: 
 Código PHP:
    <?php
  //con GET
  $condiciones=$_GET['condiciones'];
  //con POST
  $condiciones=$_POST['condiciones'];
  //ahora puedes trabajarlo como necesitas:
  $variable= explode(",",$condiciones);
  //todo lo demas...
?>    
  Enjoy! xD