Mira gildus, no existe forma de hacer un .exe con tus archivos de php-gtk , a menos que hagas como te dice epplestun, ahora yo encontre otra manera de hacer k tus archivos de php-gtk se abran con tan solo hacer doble click sobre el.
Para hacerlo necesitas tener el runtime de php-gtk que lo puedes bajar de esta direccion
http://rsoftware.altervista.org ahora si quieres distribuir tu programa con el runtime tienes k leer la licencia del runtime y ver si te lo permite. si no encuentras el programa me puedes pasar la voz y te lo mando.