Problemas con método destroy en clase Process

[k1ke]

Buenas, tengo el siguiente problema:

Ejecuto un script desde mi programa java. Concretamente el script es un ftp para descargarse un fichero.

Cuando se produce un cierto timeout y aún no ha terminado el proceso intento matarlo con el método destroy. Aparentemente va todo bien pero el ftp se sigue realizando.

Alguien puede decirme que paso me estoy saltando? Gracias y un saludo,
Kike