Sigo sin entenderte, te pongo un ejemplo de las formas en las que me puedo conectar yo a mis sitios
http://www.misitio.com -> redirigido a aplicacion1
http://www.misitio.com/aplicacion1/principal.aspx -> aplicacion1
http://www.misitio.com/aplicacion2/principal.aspx -> aplicacion2
http://www.misito2.com -> redirigido a aplicacion2
mediante ip
http://ip/aplicacion1/principal.aspx -> aplicacion1
http://ip/aplicacion2/principal.aspx -> aplicacion2
mediante subdominios
http://nombre.misitio.com -> Redirigido a aplicacion2