¿Funciones como include() de php son entendidas por buscadores?

[pacefi]

El legunaje PHP es un lenguaje de servidor, por lo cual se ejecuta en el servidor y no lo ven los buscadores. Todo lo que ven los buscadores es lo que ve el cliente, puedes verlo con cualquier explorador (IR, Firefox, etc), ve a la función de "Ver codigo fuente" y veras que no se visualiza ningun codigo PHP.

Con respecto a tu segunda pregunta, entiendo que eso es transparente, aunque te recomendaria PHP. Ahora, un consejo, no utilices todos los Metas iguales, pon un titulo y una descripción diferente en cada página, haciendo referencia al contenido puntual de la misma.