Por qué sucede??... porque siempre los cuentas... supongo deberás hacer uso de otra variable de sesión que te indique cuándo dejar de tomar en cuenta (
no de contar
) ese script... dicha variable de sesión solo la crearás al momento de... ¿loguarse correctamente??.. no lo sé! está en tí y la estructura que manejes... no muestras cómo es que aumentas el contador ni demás... pero no tienes por qué tener problemas.
Ahora... el uso de session_register() es obsoleto, preferible (aconsejable) utilizar la variable superglobal $_SESSION:
www.php.net/session_register << lee bien
Suerte!
