Puedes ayudarte de otro archivo exe que hace de enlace entre el archivo que quieres abrir y la aplicación necesaria para abrirlo.
Si buscas en Internet encontraras varios, uno de ellos (Freeware) lo puedes encontrar
aquí y es fácil de usar.
Aún así, te recomendaría no intentar ejecutar directamente un archivo SWF debido a que no todos los ordenadores tienen asociada esa extensión con el Flash Player, Internet Explorer... y por tanto no lo podran ver. En lugar de eso o creas un proyector EXE o enlazas el SWF a una página web HTM.
Salu2