como mantengo la variable session en popus?

[Myakire]

Ahí por que estas trabajando en el mismo sitio, en otro directorio pero en el mismo sitio. Cuando son sitios "al mismo nivel" no deberías compartir las sesiones.

Si tienes un sitio definido como \
si trabajas en otro definido como \OtroDir, realmente sigues en el mismo sitio.

Otra cosa es por ejemplo \Sitio1
y querer invocar con popup a \Sitio2 y conservar la sesión

Normalmente uno nunca va a referneciar ventanas de otro sitio con la intención de conservar las variables de sesión, pero quizá por error tiene configurado el IIS de esa forma y le esta ocurriendo, y no es intuitiva la solución. Es más, si tienes forma de probar Neuron, haz esto:
Define como carpeta virtual un directorio. Genera otro directorio dentro de este y también definelo como carpeta virtual. Tendrás dos sitios independientes y no deberían compartir las mismas sesiones (claro es que no es correcto definirlos así).