Hola t4n4t0s...
Pues buscando información y observando opiniones, encontré que esos programas hacen una correcta conversión sin desface de audio video, alguna vez me sucedió, no con un .mov, usando programas de baja o mediana calidad o dudosa procedencia, luego cuando cambié a un buen programa, reconocido, con todas las opciones adecuadas, y dejé de tener ese problema.
Igual puedes probar, los puedes bajar de internet.
Salú