Es javascript, los pasos son estos:
1. Frame1 hace la consulta y los refresh, y genera un javascript mas o menos asi:
//Capturar en una variable los mensajes nuevos
var text = "<%RESULTADO DE LA CONSULTA PARA VER NUEVOS MENSAJES"
//Pasar los mensajes nuevos al frame 2, donde se despliega todo
Un ejemplo de innerHtml, es este:
document.getElementById("idDeUnTagHTML").innerHTML = document.getElementById("idDeUnTagHTML").innerHTML + "<div style='color: #ff0000'>New Message: </div>"
Eso lo tienes que adaptar a frames, algo como:
document.getElementById(document.frames[1].idDeUnTagHTML).innerHTML = document.getElementById(document.frames[1].idDeUnTagHTML).innerHTML + text
Algo asi, funciona tanto para ASP como PHP, ya que es solamente javascript generado.
Ese método funciona muy bien, en este momento yo tengo un chat multi-usuario corriendo con ese método.
Solo es cuestió de que investigues sobre JavaScript
Suerte!!