He estado haciendo pruebas y ya se como solucionar tu problema. Puedes crear un bat.
Este bat solo tiene que contener dos instrucciones.
ftp <direccion ip> < ficherotexto1.txt
ftp <direccion ip2> < ficherotexto2.txt
Luego tienes que crear dos ficheros de texto, ficherotexto1.txt y ficherotexto2.txt. En el primero tienes que poner las instrucciones deseadas una bajo la otra, por ejemplo
get <archivo>
quit
El otro mas o menos seria asi
put <archivo>
quit
Todo tiene que estar en el mismo directorio. De esta forma puedes programar una tarea para que te ejecute este bat cada dia y tu solo tienes que mirar, ni preucuparte de ejecutarlo.
Un saludo y espero te sirva de ayuda, si tienes cualquier duda no dudes en contactar conmigo.