Lo que personalmente hago es algo asi como lo que opina 
ferny, pero yo me complico mas la vida... 
 
 ...te explico lo que hago:
ejemplo:
quiero descargar un .swf que vi en la pagina 
www.loquesea.com
entonces  ingreso a la pagina: 
http://www.loquesea.com
y al ver el codigo fuente de la pagina html ubico el archivo que quiero descargar (supongamos que se llame "file.swf") 
entonces lo ubico en el codigo: 
<embed src="/archivosflash/file.swf" quality=high pluginspage="http://www.macromedia.com/shockwave/download/index.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash" type="application/x-shockwave-flash" width="300" height="25">, entonces de acuerdo a la ubicación me doy cuenta que el archivo "file.swf" se encuentra en 
http://www.loquesea.com/archivosflash/ ; entonces una vez que se la ubicacion (URL)  exacta utilizo el 
webzip o el 
winHTtrack y lo descargo sin problemas.   
Mas programas relacionados   
Podria ser una alternativa...parece mas tedioso, pero es la forma que encontre para bajarme algunos swf...claro que con el webzip o el winHttrack puedes bajar toda la web. 
Espero te sirva de algo. 
Slds.